تحصیلات ابتدایی حوزه را در مكتب خانه فومن به پایان رساند و پس ازتحصیلات ادبیات عرب در 1348 (ه ق) هنگامی كه حدود 14 سال از عمر شریفش می ‏گذشت، برای تكمیل دروس حوزوی عازم (عراق) شد و حدود 4 سال در كربلای معلی اقامت كرد.

آیت الله العظمی بهجت علاوه بر تحصیل علوم رسمی از محضر استادان بزرگ آن سامان ، از جمله مرحوم حاج شیخ ابوالقاسم خویی (غیر از آیت الله العظمی خویی معروف) بهره برد و در سال 1352 (ه ق) برای ارائه تحصیل به نجف اشرف رهسپار شد و سطح عالی علوم و حوزه را در محضر آیات عظام از جمله حاج شیخ مرتضی طالقانی (ره) به پایان رساند و پس از درك محضر آیات عظام حاج آقای ضیاء عراقی و میرزای نائیینی (ره) در حوزه درسی آیت الله حاج شیخ محمد حسین غروی اصفهانی معروف به كمپانی وارد شد .

افزون بر این، ایشان از محضر آیات عظام حاج سید ابوالحسن اصفهانی وحاج شیخ محمد كاظم شیـرازی (ره) صاحب حاشیه برمكاسب و درحـوزه علوم عقلی ، كتـاب (الاشارات والتنبیهات) و اسفار را نزد آیت الله سید حسین بادكوبه‏ای (ره) فرا گرفت و در زمان تلمذ به تدریس سطوح عالی پرداخت و درتالیف كتاب (سفینة‏البحار) با محدث كبیرحاج شیخ عباس قمی (ره)همكاری كرد. 

آیت الله العظمی بهجت در زمینه تهذیب نفس در زادگاهش (فومن) از كودكی محضر عالم بـزرگوار (سعیدی) و در كربلا از برخی علمای دیگر بهره برد، تا اینكه در نجف اشرف در 17 سالگی با آیت حق علامه قاضی (ره) آشنا شد و گمشده خویش را در وجود ایشان یافت و در سلك شاگردان اخلاقی - عرفانی ایشان درآمـد. 

وی سرانجام در سال 1364هق مطابق با 1324 (ه ش) قلبی صیقل یافته ازمعنویت و سینه ‏ای مالامال از عشق به حضرت حق و با كوله باری از علم و كمال به سرزمین خویش هجرت كرد و در زادگاهش تشكیل خانواده داد. 

آیت الله العظمی بهجت درحالی كه آماده بازگشت به نجف اشرف بود هنگام عبور از قم زمانی كـه هنوز چند ماهی ازمهاجرت آیت الله بروجردی (ره) به قم نگذشته بود موقتا مقیم شد وپس از شنیدن خبر رحلت استادان بزرگ حوزه علمیه نجف ، درشهر مقدس قم رحل اقامت ‏افكند. 

ایشان در قم از محضر آیات عظام حجة ‏الاسلام و المسلمین كوه كمره‏ای و آیت الله العظمی بروجردی بهره ها برد. 

معظم له پس از ورود به قم به تدریس خارج فقه و اصول پرداخت و به تربیت شاگردان بسیاری همت گماشت . 

تالیفات حضرت آیت الله العظمی بهجت عبارت اند از : یك دوره كامل اصول، حاشیه بر مكاسب شیخ انصاری (ره) و تكمیل آن تا آخر مباحث مربوط به مكاسب و متاجر، دوره كامل طهارت، دوره كامل كتاب صلاة، دوره كامل كتاب زكات، دوره كامل كتاب خمس و حج، حاشیه بر كتاب ذخیرة العباد مرحوم شیخ محمد حسین غروی، چندین مجله تقریبا یك دوره فقه فارسی، حاشیه بر مناسك شیخ انصاری (ره).

بعد از فـوت مرحوم آقای سید احمد خوانساری(ره) جلـد اول و دوم كتـاب ذخیره العباد (جامع المسائل كنونی) را به قلم خود تصحیح و در اختیار خواص گذاشت. 

آن مرجع عالیقدر پس از 96 سال زندگی پربار و سال ها جد و جهد علمی ديروز بـه دیدار معبود شتافت .